domingo, setembro 09, 2012

Treta da semana: não há lixo.

Segundo um artigo recente na Nature, cerca de 80% do genoma humano tem “funções bioquímicas” (1). Esta expressão deliberadamente ambígua levou os criacionistas (2) e a imprensa (3) a apregoar que não há lixo no genoma, que «O "lixo" do nosso ADN é afinal um interruptor fundamental». Não é nada disso. O problema é que os autores usaram uma definição de funcionalidade muito diferente daquela que se usa para distinguir entre ADN funcional e ADN não funcional, o tal “junk DNA” que tanto ofende os criacionistas. Como admite o próprio Ewan Birney, o coordenador da análise de dados do consórcio ENCODE:

«nós definimos o nosso critério como “actividade bioquímica específica” [No entanto] usando definições clássicas e muito estritas de “funcional” [...] vemos uma ocupação acumulativa de 8% do genoma»(4)

Ou seja, o valor de 80% refere-se apenas à definição deles, segundo a qual um trecho de ADN é “funcional” se interagir de forma reprodutível com alguma molécula da célula. Mas isto não implica funcionalidade no sentido mais consensual de ser benéfico para o sucesso reprodutivo do organismo. Por exemplo, a maior categoria de “funcionalidade bioquímica” é a do ADN que é transcrito em ARN, e que corresponde a cerca de 60% do genoma humano, segundo os dados do ENCODE. A síntese de ARN complementar a um trecho de ADN é o primeiro passo para a síntese de proteínas. Mas, a seguir, deste ARN são removidos os intrões, trechos da molécula que não farão parte da síntese da proteína. Dos intrões praticamente nada contribui para o sucesso do organismo*, e o que sobra, os exões, é a menor parte. As sequências de aminoácidos de todas as nossas proteínas estão determinadas em apenas 1% do nosso ADN.

As outras grandes categorias de “funcionalidade bioquímica”, como definida pelo consórcio ENCODE, são a das regiões com histonas modificadas e a das regiões sensíveis às desoxiribonucleases (DNases). Estas “funcionalidades” também não implicam que o ADN seja funcional no sentido comum do termo. As histonas formam o esqueleto proteico dos cromossomas, que segura o ADN, e as modificações químicas nestas proteínas ajudam a regular a actividade de cada região. No entanto, as modificações químicas das histonas tanto podem promover como reprimir a expressão do ADN, e é de esperar que ADN que não seja funcional esteja marcado como tal pelas histonas que o suportam. Quanto às hipersensibilidade às DNases, se bem que seja uma característica típica de regiões activas do ADN, é também comum em zonas inactivas. As DNases cortam o ADN, e fazem-no mais facilmente onde o ADN está mais acessível. Em muitos casos, isto corresponde às regiões activas porque, nessas, o ADN precisa de estar exposto às várias proteínas que se encarregam da transcrição e regulação dos genes. No entanto, além de que muito do que é transcrito não beneficia o organismo, também zonas inactivas do ADN podem estar expostas às DNases.

Além da confusão sobre o que é funcional, há também a ideia de que se designa partes do ADN como “lixo” só porque não se sabe para que servem ou por mero palpite. «O resto do genoma foi inicialmente chamado de "ADN lixo", porque foi considerado inútil», escreve a jornalista no DN (3). Na verdade, o termo “lixo” veio da estimativa de que grande parte da sequência do nosso genoma não pode ser evolutivamente importante porque, se fosse, a quantidade de mutações prejudiciais por geração seria grande demais para a selecção natural eliminar (5). Esta estimativa foi confirmada experimentalmente pela quantificação das mutações que persistem. Apenas 5-10% do nosso genoma está sujeito a uma selecção negativa, que elimina tendencialmente alterações à sequência. No resto vale tudo, o que demonstra que não pode ser muito importante.

Isto não quer dizer que o ADN fora dessas zonas não sirva para absolutamente nada. Os cromossomas têm estruturas tridimensionais complexas, e pode ser que partes do ADN desempenhem aí alguma função. Quanto mais não seja fazer espaço, para umas partes ficarem adequadamente posicionadas em relação a outras. Mas é claro pela comparação de sequências que, na maioria do nosso genoma, a sequência do ADN é irrelevante para o sucesso do organismo. É isso que se designa por “junk DNA”. Os resultados do ENCODE não alteram essa conclusão nem explicam o genoma da cebola (6). Infelizmente, nem os criacionistas nem os jornalistas vão perder tempo a perceber o assunto quando papaguear “grande descoberta!” lhes dá tanto jeito.

* Alguns intrões têm papeis de regulação ou criam regiões alternativas de corte que permitem gerar proteínas diferentes. No entanto, em geral, a maior parte da sequência de cada intrão é irrelevante para o organismo.

1- The ENCODE Project Consortium, An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome
2-Evolution news and views, Junk No More: ENCODE Project Nature Paper Finds "Biochemical Functions for 80% of the Genome".
3- E.g. Guardian, Veja,DN
4- Susumu Ohno, So much 'junk' DNA in our genome. Brookhaven Symposia in Biology No 23. 1972. Encontrei o texto integral aqui, mas o site parece-me manhoso.
5- Ewan Birney, ENCODE: My own thoughts
6- O teste da cebola.

17 comentários:

  1. O PROJECTO ENCODE E O CRIACIONISMO

    É interessante ver os evolucionistas a jogar à defesa…


    Jonathan Wells, um proponente do "inteligent design" escreveu um livro sobre o mito do DNA lixo


    O Projecto ENCODE testou a ideia e deu razão aos criacionistas


    Todo o DNA tem função, com excepção daquele que, por causa da corrupção da natureza perdeu essa função.

    Esta afirmação corrobora a ideia bíblica de que a vida foi criada (super)-inteligentemente por Deus e que o DNA não contém, por isso, vestígios da evolução. Quando muito, tem vestígios de corrupção (v.g. mutações).

    Os artigos 30 recém publicados sobre o projecto ENCODE reconhecem pelo menos mais 80% do genoma é inteiramente funcional, no sentido em que contém meta-informação activamente envolvida na expressão genética, sendo de repudiar a ideia de que uma parte do genoma é lixo

    O suposto lixo é afinal uma parte fundamental de um sistema operativo muito mais ordenado, rico e complexo do que os evolucionistas, com a sua natural propensão para o simplismo, suspeitavam...

    Não admira que os próprios evolucionistas se encarreguem de fazer as exéquias do “junk-DNA"


    O suposto lixo só existe na cabeça dos evolucionistas, visto que o DNA contém códigos genéticos e epigenéticos, com milhões de interruptores reguladores.


    O projecto ENCODE fala agora do genoma como um autêntico sistema operativo com milhões de interruptores com códigos, informação codificada, cuja quantidade, qualidade, densidade e miniaturização transcendem a capacidade científica e tecnológica humana.

    Não é por acaso que o genoma é estudado por milhares de cientistas, milhares de computadores e milhões de dólares em todo o mundo.

    Os próprios evolucionistas falam em material genético e epigenético “conservado” (leia-se, sem evolução), interrogando-se porque é que a evolução e a selecção natural conservaria tanto material aparentemente inútil.

    Afinal, graças ao ENCODE, reconhecem que há muito boas razões para a existência deste DNA, haja em conta a a importância das suas funções reguladoras

    O genoma é hoje muito mais do que genes, com quantidades inabarcáveis de informação codificada ainda por explorar.

    Confirmando cientificamente as afirmações criacionistas, o projecto ENCODE veio sem dúvida dar um novo impulso ao criacionismo em todo o mundo.

    O problema do Ludwig foi não ter sido suficientemente crítico dos dogmas evolucionistas...

    Agora assiste em directo, e impotente, à respectiva refutação e queda...

    Ele bem tenta afirmar que algum DNA não é essencial... ...mas também poderíamos dizer isso de uma perna, de um olho, de um dedo ou de um rim...

    É claro que em qualquer criação dependente de informação (v.g. ser vivo, computador, GPS) pode haver informação mais ou menos essencial ao funcionamento. Mas isso em nada refuta a sua origem inteligente...


    O projecto ENCODE vem mais uma vez corroborar a Bíblia, quando ela diz: no princípio era o Verbo (Logos)... ... todas as coisas foram feitas por Ele.

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  2. Aqui também está bem desenvolvida a questão:

    http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/

    Não compreendo realmente o que se pretendia com esta escolha de palavras. Não parece uma coisa muito reflectida e honesta da parte do pessoal do encode. Eles tinham de saber que iam criar esta confusão e que iriam ser contestados por algo que podiam ter evitado, já que a chave para a interpretação correcta vem no seu proprio texto (não que o perspectiva seja capaz de notar).


    Fundos religiosos na instituição?

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  3. os cromossomas complexos não são a forma mais vulgar de arranjo do DNA

    da circularidade dos arranjos do dna bacteriano aos plasmídeozinhos

    e ao DNA (ou RNA) viral vai todo um conjunto de descodificação da krippaahlidade com muito menos tri-di...

    vou ver as crassuláceas que as C4 tão out...

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  4. É interessante notar que os evolucionistas estão confusos com tanta informação codificada que presente no genoma.

    Eles estão a perceber claramente as implicações para o debate das origens.

    O ENCODE corrobora inteiramente o que a Bíblia diz: a vida foi criada (e programada) por um Deus que se revela como Logos (Razão, Palavra).

    O João até sugere que o ENCODE deve ser alguma conspiração criacionista. (Se é, então isso significa que a comunidade científica está a abarrotar de criacionistas infiltrados!)

    É que o ENCODE revela claramente que o genoma é um verdadeiro sistema operativo com diferentes níveis de informação, milhares de milhões de letras, palavras e interruptores, sendo que muita dessa informação codificada é meta-informação reguladora da tradução e execução de mais informação...

    Quem andou por aí a dizer que o DNA não codifica nada?

    Tudo isto confirma o que a Bíblia diz acerca da criação...

    Mas também o que ela diz acerca da corrupção é inteiramente confirmado.

    Com efeito, os novos dados científicos deixam clara a existência de corrupção no genoma, pelo que existe uma óbvia ligação entre as mutações e a degradação dos circuitos regulatórios do genoma...

    Como se pode confirmar, os criacionistas nada têm contra a ciência e a evidência científica.

    Eles apenas combatem a visão do mundo naturalista e evolucionista por ser anti-científica e contrária aos dados da ciência.

    Quando, em nome da sua ideologia naturalista, o João pretende sugerir que o ENCODE é uma espécie de conspiração criacionista (com fundos religiosos!!) ele está a dar razão aos criacionistas: a teoria da evolução é uma aberração filosófica e científica que deve ser combatida com os factos e com a lógica.


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  5. O PROJECTO ENCODE E A UTILIDADE DO GENOMA

    Os evolucionistas, no seu proverbial simplismo intelectual, procuram de forma desesperada defender que o lixo no DNA é mesmo lixo, mesmo sendo claro que o suposto "junk-DNA" integra complexos códigos epigenéticos, com milhões de interruptores perfeitamente organizados...

    Naturalmente que eles têm interesse nisso, porque as suas teorias é que estão a ser consideradas lixo...

    O Ludwig o o João, e outros simplistas do género, dizem que existe muito DNA que não é absolutamente necessário, ainda que tenha alguma utilidade...

    Vendo as coisas objectivamente, verificamos que muita da informação genética de cuja funcionalidade o Ludwig e o João desconfiam é fundamental para a complexa e precisa função de reparação do próprio genoma

    Nalguns outros casos, ela codifica especificidades notáveis das espécies. Eis alguns exemplos, entre milhares que poderiam ser apresentados.

    Por vezes, o código genético codifica complexos e eficientes sistemas de sonar e eco-localização semelhantes, em espécies completamente diferentes, corroborando a existência de um Criador comum...

    Por seu lado, é possível que as formigas não necessitem, para sobreviver, de um genoma que codifique um sistema olfactivo de alta definição...

    Mas Deus assim quis e programou o correspondente código...

    Também é possível que os caranguejos do fundo do mar não necessitassem de um genoma com instruções para sistema óptico multicolor, de forma que faz inveja aos engenheiros de óptica...

    Por vezes, esse suposto lixo codifica o voo sem esforço do albatroz em termos que inspiram os engenheiros de aeronáutica...

    O Criador assim quis, e programou o genoma nesse sentido...

    Muito desse suposto lixo genético permite, afinal, que as espécies resolvam rapidamente complexos problemas de sobrevivência, por vezes de forma mais eficaz do que os seres humanos...

    Nalguns casos, características aparentemente inúteis numa espécie são importantes na sua interacção com outras espécies...


    O genoma, com os seus códigos genéticos e epigenéticos, tem que codificar tudo isso, porque assim decidiu o Criador...

    Quem subestima o genoma é desmentido pelos factos, para além de revelar o simplismo intelectual e o lixo que aceitou acolher dentro do seu cérebro...

    O Projecto ENCODE está apenas no princípio e já é visto como uma ameaça séria pelos evolucionistas, que jogam as últimas cartadas de desespero...

    A nossa opinião é de que os dados publicados pelo ENCODE (apesar de não se tratar de uma conspiração criacionista) refutam clara e completamente a teoria da evolução.

    Os que vão ser publicados num futuro próximo apenas confirmarão isso mesmo...





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  6. P:

    "O João até sugere que o ENCODE deve ser alguma conspiração criacionista. (Se é, então isso significa que a comunidade científica está a abarrotar de criacionistas infiltrados!) "

    Não sugeri isso. Sugeri que possam haver ligações com a religião. Não há conspiração já que a verdade está apenas polida com definições pouco usuais e sem sentido. Mas está lá para todos verem o que eles de facto fizeram. Não há esquemas escondidos,etc para lhe chamar conspiração.

    Isso é mais um argumento à perspectiva apenas. Tal como o de que a comunidade cientifica tem de estar cheio de criacionistas. Não, para a hipotese que eu sugeri, e de modo algum aleguei que era verdade, apenas bastaria haver fundos em jogo provenientes de certas parcelas do partido republicano. Não é segredo nenhum que estes senhores pendem para a cegueira religiosa criacionista e que são em grande numero... Às vezes até ganham eleições para presidir ao país...

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  7. P:

    "Os que vão ser publicados num futuro próximo apenas confirmarão isso mesmo... "

    Talvez te devesses preocupar com o que sugerem os trabalhos já publicados actualmente e deixar de prometer o que não podes.

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    1. Achas mesmo que o ENCODE ai ficar por aqui? És mesmo um atadinho...

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  8. O João é um artista. Atribui à religião a existência, no genoma, de códigos e informação codificada no genoma, em quantidades inabarcáveis.

    Para ele, foi o partido republicano que andou a activar os milhões de interruptores presentes no genoma...

    Eu atribuo simplesmente a um Criador racional. A ciência só se limita a atestar isso.

    Haja paciência com estes evolucionistas...




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  9. Já agora, João, repara que a quantidade de lítio presente no Universo não condiz com o modelo do Big Bang

    Terão sido os republicanos? Terão sido os religiosos a colocar lítio onde ele não devia estar?

    É, sem dúvida, uma hipótese plausível... .

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  10. O Ludwig, que afirmou que "a chuva cria códigos", devia interrogar-se porque é que não que existe um projecto RAINCODE, envolvendo milhares de cientistas, milhares de computadores e milhões de dólares, para sequenciar e milhões de bytes de informação da chuva e fazer uma enciclopédia digital...


    Porque é que o Ludwig não apresenta à FCT semelhante projecto RAINCODE com um consórcio de Universidades?

    Certamente seria aprovado por ser genial e inovador...

    Do mesmo modo, já que o Ludwig disse que "o DNA não codifica nada", devia interrogar-se porque é que existe o projecto ENCODE, envolvendo milhares de cientistas, milhares de computadores e milhões de dólares, para fazer uma eniclopédia com toda a linguagem do genoma...

    Os primeiros dados do ENCODE foram recentemente publicados, correspondem, no total, a mais de 15 biliões (15,000,000,000,000!) de bytes de informação e a sua análise consumiu o equivalente a mais de 30 anos de tempo computacional...

    Não está mal, considerado que o Ludwig disse que o DNA não codifica nada...

    Trucidando as afirmações do Ludwig, esses dados acabam de demonstrar que o suposto "junk-DNA" cumpre, afinal, funções regulatórias extremamente importantes, por sinal de forma mais ordenada do que antes se pensava...

    Os evolucionistas, fazendo depender tudo de processos irracionais e aleatórios têm uma propensão natural para o simplismo...

    ...depois, quando são desmentidos pelos factos, fazem como a avestruz e metem a cabeça na areia...

    ...ou então, dizem, como o João, que tudo não passa de uma conspiração das instituições religiosas e do partido republicano...

    Essas reacções defensivas demonstram, inadvertidamente, que eles reconhecem que os dados do ENCODE corroboram inteiramente o que a Bíblia ensina acerca da criação super-inteligente da vida e da corrupção de toda a natureza humana por causa do pecado...







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  11. Ludwig e perspectiva cada vez mais juntinhos.

    http://www.publico.pt/ProjectSyndicate/John%20Dupr%C3%A9/a-crise-bemvinda-na-teoria-evolucionista-1562713

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    1. Esse filósofo revela algumas confusões. A ciência assenta em postulados sobre a racionalidade intrínseca do Universo e do homem que ela mesma não pode garantir, na medida em que têm que ser pressupostos pelos cientistas antes mesmos de fazerem ciência. A Bíblia afirma esses postulados. O evolucionismo cósmico, químico e biológico, não.

      Por seu lado, os dados recém publicados do Projecto ENCODE, ao revelarem mais de 15 biliões de bytes de informação genética e epigenética no genoma, com milhões de interruptores estrategicamente situados para regular a expressão genética, mostram que o genoma é um verdadeiro sistema operativo cuja complexidade transcende tudo quato Charles Darwin e o neodarwinismo poderiam suspeitar, corroborando o "design super-inteligente" da vida.

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  12. MAIS REFLEXÕES SOBRE O ARTIGO INDICADO PELO NUNO GASPAR

    Este suposto filósofo da ciência revela algumas confusões intelectuais que se mostram incompatíveis com o seu estatuto.

    Dizer que os criacionistas e os defensores do design inteligente são uma ameaça ao pensamento científico é um disparate completo se se pensar que Isaac Newton, um dos pais fundadores da ciência moderna, era um criacionista convicto para quem a ciência consiste em fazer engenharia reversa de um Universo criado por Deus.

    Na verdade, a ciência assenta em postulados sobre a racionalidade intrínseca do Universo e do homem que ela mesma não pode garantir, na medida em que têm que ser pressupostos pelos cientistas antes mesmos de fazerem ciência.

    O evolucionismo, ao negar o criacionismo à partida, está a pecar exactamente pelo mesmo dogmatismo de que acusa os criacionistas.

    Além disso, se a ciência é falível e provisória, como pode pretender falar em termos definitivos sobre a origem do Universo, da vida e do homem, factos nunca observados por nenhum cientista em passíveis de reprodução laboratorial?

    Este filósofo da ciência esquece que as observações científicas e as experiências científicas são exactamente as mesmas para evolucionistas e criacionistas. O que diverge é a visão do mundo a partir da qual as mesmas são interpretadas, seja naturalista ou bíblica.

    Por exemplo, aquilo que os evolucionistas consideram evidência de um antepassado comum (v.g. homologias), os criacionistas interpretam como corroborando um Criador comum.

    Mas os dados científicos são exactamente os mesmos.

    O filosofo da ciência diz que o evolucionismo está em crise. É verdade, mais do que nunca.

    Recentemente, o Projecto ENCODE revelou que o genoma contém biliões de bytes de informação codificada, genética e epigenética, muito para além do que Darwin ou os neodarwinistas poderiam suspeitar, com milhões de interruptores reguladores da expressão genética. Essa é a evidência científica., mesmo no chamado lixo genético.


    Como disse, ela é a mesma para criacionistas e evolucionistas.

    No entanto, os criacionistas, que vinham há décadas dizendo que o DNA não é lixo, apenas se limitam a dizer que isso corrobora inteiramente o que a Bíblia diz sobre a criação (super-)inteligente do ser humano, embora sem esquecer a corrupção de que enferma toda a natureza criada.

    Onde está a ameaça à ciência?

    Os criacionistas aguardam com todo o entusiasmo as publicações do Projecto ENCODE, pois sabem que elas apenas mostraram o que há de absurdo em supor que o sistema operativo do genoma poderia ter evoluído por mutações aleatórias e selecção natural.

    Se o desacordo em ciência deve ser incentivado, como diz este filósofo da ciência, nada melhor do que deixar que criacionistas e evolucionistas se confrontem na praça pública.

    Curiosamente, iremos ver que, como disse, a divergência não é tanto quanto os dados científicos em si mesmos, mas apenas quanto à sua interpretação.

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    1. Perspectiva:

      O enconde optou por redefenir um termo sem justificar. Passou a chamar de "funcional" tudo o que reage. Mesmo que de funcionar não tenha nada.

      E é assim que passamos a ter os 80% extra de DNA funcional.

      Não há conspiração nenhuma. Eles próprios escrevem o que fizeram. Mas não dizem de modo racional porquê.

      Enterrar a ausencia de grandes novidades em novas e inesperadas definições é algo que sugere fortemente uma motivação politica, pois no meio cientifico a coisa não foi engolida, nem nunca seria. Os ganhos seriam sempre apenas no campo da propaganda leiga.

      Por isso, a inclusão de palermas incapazes de compreender a evolução entre os suspeitos não é de todo ridiculo, desde que eu não faça a alegação de saber que esse é o caso.

      Agora, compreendes que suspeitar de envolvimento politico, deixando outras hipoteses em aberto, não é o mesmo que dizer que os republicanos puseram DNA extra no genoma ou que pagaram para alterar os resultados?

      Eu nem disse que os resultados foram alterados. Apenas que a escolha de palavras é notoriamente ambigua.

      No entanto, não te parece incomodar alterar o que os outros dizem a teu gosto, e insistir que o estudo diz o que não diz.

      É por isso que és criacionista. É porque não te importas de fazer estas coisas e assim alienar qualquer raciocinio logico que possa por ventura rondar a tua narrativa.

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  13. João

    O ENCODE diz que o genoma é um sistema operativo com biliões de bytes de informação genética e epigenética extremamente complexa, distribuída em vários níveis de informação, em que milhões de interruptores regulam a expressão genética de forma organizada e temporizada.

    Esses são os factos

    Só uma avestruz como tu é que quer meter a cabeça na areia...


    Se tens alguma evidência que prove a evolução diz, que podemos discuti-la..


    És mesmo um atadinho... achas mesmo que foram os republicamos que codificaram 15000000000000 de bytes no genoma?

    O DNA contem informação codificada em sequências de nucleótidos, abrangendo biliões de bytes, podendo ser transcrita, lida e executada por máquinas moleculares também elas codificadas em DNA, estudada com base em computadores que aplicam a teoria da informação para o compreender.

    Achas que é ambíguo falar em códigos e informação codificada. De resto, até o evolucionista Richard Dawkins o faz.

    Eis o que ele diz:

    “What has happened is that genetics has become a branch of information technology. It is pure information. It's digital information. It's precisely the kind of information that can be translated digit for digit, byte for byte, into any other kind of information and then translated back again.
    This is a major revolution."

    Um criacionista concorda plenamente, dizendo que isso corrobora inteiramente o que a Bíblia diz.


    Tu é que és um atadinho...


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